Hasta el siglo XIX, el destino de Rota se decidía en el Palacio Ducal de Marchena como consta por escrito en las fundaciones religiosas de los dominicos y mercedarios descalzos. Además del Duque, familias marcheneras tuvieron cargos públicos importantes en Rota como los Pimentel o los Godoy.
Los Ponce de León fundan el convento dominico de Rota en 1532, que dependía del convento dominico de Marchena fundado en 1517. El convento dominico de Rota tenía la potestad de autorizar a los frailes de su orden a viajar a las Indias. En 1550 tras quedar vacío por irse sus frailes a América el edificio dominico de Rota vuelve a ser propiedad del de Marchena y el Duque de Arcos los entrega a frailes mercedarios descalzos en 1604 y allí se establece la hermandad de Veracruz.
Fray Gonzalo de San Vicente prior del convento de La Almoraima (Castellar) viajó a Marchena en julio de 1604 para pedir al Duque de Arcos la fundación de un convento de Mercedarios Descalzos en la villa de Casares según cuenta Pedro de San Cecilio , en sus Anales de la Orden de Descalzos de Nuestra Señora de la Merced.
Don Rodrigo Ponce de León, fundador de los conventos Capuchinos y Mercedarios de Marchena, y Mercedario de Rota respondió que Casares no podía sustentar un convento y que Rota era mejor ubicación por estar a la orilla del mar entre la ciudades ricas.
Camino de Osuna, donde iban a tratar con los Girones la fundación de otro convento, se detuviese en Marchena para que el Duque formalizase por escrito su ofrecimiento de fundar Rota.
Los frailes cenaron con el Duque quien «en la cena dió su palabra de ayudar a la fundación de Rota y pidió unos días para tomar la resolución». A su salida para Osuna el duque les envió un criado para que les atendiera en la posada y les llevase comida. En Osuna ni siquiera fueron recibidos por Ana Girón y volvieron a Marchena a los dos días.
A la entrada del Palacio encontraron un caballero criado del Duque pariente cercano de uno de los frailes, el Padre Fray Pedro. Se alegró de verle y lo llevó a su casa. En la sobremesa el caballero le aconsejó visitase al conde de Luna Don Antonio Alonso Pimentel y Quiñones primogénito del Conde de Benavente que pocos días antes se había casado con María Ponce de León hija del duque de Arcos y de la duquesa doña Teresa de Zúñiga.
Este caballero hizo que el conde recibiera a los frailes y les prometiese su apoyo y habló con el Duque su suegro que lo había nombrado corregidor del Cabildo de Rota. Al dia siguiente fueron recibidos de nuevo por el Duque «aún con mayor agasajo que la vez anterior» y les entrega una carta de recomendación del Duque.
Ese día el Conde de Luna y el Duque les prometen que no les faltaría todo lo necesario para la consecución del proyecto. En Madrid siendo ya conde de Benavente Antonio Alonso Pimentel hizo por los mercedarios descalzos «cosas memorables».
Rota era gobernada por otro marchenero, Fernando de Godoy, mientras que su hermano Diego era oidor de la Audiencia del Duque. Ambos tenían casa en Marchena y cuentan los mercedarios descalzos que en su casa «los agasajaban huéspedes, los hospedaron caminantes, los curaron enfermos mirándolo siempre como padres a hijos».
Ya en Rota los frailes fueron recibidos por el corregidor Fernando de Godoy. El corregidor los hospedó en su casa de de Rota y los tuvo algunos días comiendo en su mesa. Atendiendo la carta del Duque que llevaban los frailes, él y sus capitulares del Ayuntamiento ofrecen a los frailes con el beneplácito de la hermandad, la ermita de la Vera Cruz para instalarse.
Veracruz de Rota
El 18 de agosto de 1604 el Cabildo en la Hermandad de la Veracruz de Rota aprueba la cesión a los frailes mercedarios descalzos para que «prediquen en ella porque entre año nunca hay sermón, ni jamás persona que esté con ningún vecino en el artículo de la muerte, además de que hay pocas misas en esta villa».
En Marchena en el 5 de septiembre de 1604 el Duque da licencia para la para la creación del convento de la Merced de Rota con la autorización del Arzobispo de Sevilla y del Padre General.
