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San Francisco de Borja, el Santo perseguido por la Inquisición que fundó el colegio Jesuita de Marchena

Las primeras fundaciones jesuitas andaluzas se hicieron al amparo de los parientes de Antonio de Córdoba (1527-1569),  uno de los primeros jesuitas andaluces.  Córdoba, (fundado por Juan Fernández de Córdoba, pariente de la marquesa de Priego, en 1553), Sanlúcar de Barrameda (por su tía Ana de Aragón, en 1554), Montilla (por la marquesa de Priego, en 1558) y Marchena (por la hija de la marquesa de Priego, en 1567).
Antonio de Córdoba, hermano de la duquesa quiso formar parte de la Compañía recibiéndolo su primo San Francisco de Borja el Duque Santo descendiente de papas y reyes.
Según la crónica del colegio, San Francisco de Borja pasó por Marchena desde Montilla donde había fundado un colegio por deseo de la marquesa de Priego. Su hija María de Toledo, mujer de Luis Cristóbal Ponce de León, II duque de Arcos, y prima de Borja, también fundó el colegio Jesuita de Marchena que se bendijo en 1590.
San Francisco de Borja llegó a Marchena a principios de 1554 partió con el P. Bustamante a visitar a algunos nobles andaluces en Osuna, Marchena, y Sanlúcar de Barrameda, además de Sevilla y Jerez de la Frontera. En Marchena, el duque de Arcos le cedió a un lacayo suyo llamado Zarzuela, para que lo asistiera en el viaje hasta Sanlúcar, pero a los pocos kilómetros, le cedió el caballo a Zarzuela.
En 1609 se fundó el colegio de San Jerónimo por el licenciado Gonzalo Fernández, presbítero. Era un colegio para estudiantes pobres donde los jesuitas impartiesen clases de filosofía y moral. El lugar elegido fue junto al Colegio de la Encarnación y junto a la puerta de Osuna.

Francisco de Borja y Aragón, San Francisco de Borja era bisnieto del Papa Luna, Alejandro VI, primer papa español, III General de la Compañia  de Jesus y Duque de Gandía virrey de Cataluña, en 1543 y descendiente del Rey Fernando de Aragón.  Pese a ello fue juzgado por la Inquisición y sus libros prohibidos antes de ser nombrado santo.
SABER MAS: FRANCISCO DE BORJA Y LA INQUISICION
El año 1558 se descubren grupos protestantes en Valladolid y Sevilla, afectando a los Jesuitas, a Borja y a los Ponce de León. Juan Ponce de León, primo del Duque fue condenado a muerte por Luterano.

En 1599  una de las obras de  Francisco de Borja Obras del cristiano  aparecen prohibidas por la Inquisición cuando su nombre apareció entre los testimonios de algunos de los procesados por luteranismo en Valladolid.  También fueron prohibidas obras de fray Luis de Granada o Juan de Ávila.

En los autos de fe de 21 de mayo y 8 de octubre de 1559, Francisco de Borja pidió acompañar en el cadalso a Ana Enríquez, su pariente.  A finales de 1599 Borja defiende ante el Rey su inocencia y declara que no eran suyos los escritos prohibidos y a finales de año huye a Portugal y permanece allí dos años. Luego va a Roma llamado por el Papa, quedando en mal lugar la Compañia y su fama.

Finalmente se supo que los  indicios reunidos contra Borja por la Inquisición en el curso de los procesos contra los protestantes de Valladolid no eran suficientes para un proceso formal y que los defectos de su libro eran subsanables con ciertas correcciones.

Todas las obras del padre Francisco recogidas en el tribunal de Valladolid desde la prohibición y hasta el 7 de octubre de 1559 se quemaron en el auto de fe del día 8, delante del rey.

En Roma Francisco de Borja intentó obtener una patente de ortodoxia para su libro del  concilio de Trento y logró ser elegido  III prepósito general de la Compañía de
Jesús.

Borja había casado a su hija con una familia noble procesada por ser Protestante en Valladolid. La Marquesa de Alcañices, Elvira de Rojas. Su hija doña Ana Enríquez (reconciliada). La hija de Borja Juana se había casado con D. Juan Enríquez de Almansa y Rojas, hijo de doña Elvira, y su otro hijo Álvaro casó con su sobrina, Elvira. Desde 1554 habían  mantenido una relación estrecha ambas familias.

En 1576 vieron la luz los tratados de Borja. No se trataba de una traducción exacta, algunos fragmentos se habían corregido o parafraseado. La Inquisición española aclaró en 1583 se aclaró al lector que si en el catálogo aparecían nombres de santos no era porque «estos autores se hayan separado de la Iglesia romana y de sus enseñanzas sino, o porque tales obras les fueron falsamente atribuidas, o porque hay en ellas palabras o frases dolosamente introducidas, o porque no pareció bien que se publicasen en lengua vulgar».

ENTERRAMIENTO DE LAS DUQUESAS
Fue primer rector el padre Diego de Avellaneda, rector de la Universidad de Osuna Estuvo en Madrid siendo rector del Colegio Imperial y posteriormente, en 1590
visitó la provincia de México, para posteriormente hacerse cargo del convento Jesuita de Toledo.  En abril de 1567, se bendijo la iglesia.
Se construye en tiempos de Luis Cristóbal se rodeó de artistas como el músico Cristóbal de Morales o el platero Juan Ruiz. Prestó servicios a Carlos I como general de la Armada, participando posteriormente en las exequias al emperador y volviendo a España con el rey Felipe II, siendo embajador en Francia.

Su esposa era Maria de Toledo Figueroa biznieta del Duque de Alba cuyo cadáver se enterró en Santa Eulalia en 1565 hasta que terminadas las obras se trae en 1584 sepultándose en el presbiterio.
A Luis Cristóbal le sucede Rodrigo (II) Ponce de León Toledo, que fue enterrado en Santo Domingo de Marchena el 16 de enero de 1630. Su esposa María de Zúñiga Pimentel, Duquesa de Béjar, está enterrada en el presbiterio del colegio jesuita desde 1609.
Maria Zúñiga estuvo en Marchena treinta y ocho años y salió solo dos veces, a Arcos y a Benamahoma. En el palacio iba con hábito negro se rodeaba de beatas y era “una verdadera y perfecta religiosa».
A instancias de la duquesa de Arcos, fue uno de los maestros jesuitas quien dejó su clase de mayores para dar clase de gramática a don Francisco y su hermano don Manuel Ponce de León, quienes posteriormente serían duques de Arcos.