La guerra de banderas entre Marchena y Medina Sidonia, afectó a la posesión y derechos de armar almadrabas en la bahía por lo que en los acuerdos de paz de Marchenilla se acordó que las almadrabas de Cádiz se dejasen para el Señor de Marchena.
En el Palacio de Marchena se consumía atún que venía de las almadrabas gaditanas, de su propiedad, en la que trabajan moros esclavos que pescaban en Mayo y Junio, y en Julio se transportaba fuera de Cádiz. El jornal que pagaba el Marqués a los peones moros esclavos era de 16 ó 25 mrs., según estas cuentas. También tenía un «morero» el Marqués de Cádiz, encargado de los esclavos moros que cobraba de 20 a 25 mrs.
La debilidad de la monarquía del siglo XIV hizo que las casas de Marchena y Medina Sidonia se hicieran con el control de media Andalucía y que restando poder monárquico se enfrentaran en guerras internas por el control de distintos bienes hasta que los Reyes Católicos les paran los pies y les quitan el poder para fortalecer a la monarquía.
Las cuentas de 1486 indican que la primera pesca de estas almadrabas de Cádiz y de Hércules, se enviaban a Marchena. Allí trabajaban armadores, atalayas, caloneros, mayordomo de la mojama, mayordomo de pilas, candelero, cloquero, sastre, mozos, etc.
«Otrosý, en quanto atañe a las almadrauas de Cádiz, mandamos que el dicho señor duque las dexe al dicho señor marqués libres y desembargadamete en aquella forma y manera que más cumpliere al dicho señor marqués, dexando el dicho señor marqués la otra almadraua que tiene de Rota, la qual non pueda armar nin fazer de aquí adelante, salvo dexando de fazer la de Cádiz».
Documentos del Fondo Osuna. Sección Nobleza del Archivo Histórico Nacional
Digitalización de microfilm de 35 mm
«Yo, don Enrique De Guzmán Duque de Medina Sidonia otorgo y reconozco a vos don Rodrigo Ponce de León, Marqués de la ciudad de Cádiz, conde de Arcos de la Frontera y señor de la villa de Marchena, que por luengo tiempo y costumbre inmemorial, la ciudad de Cádiz tiene derecho de hacer armar almadrabas de los Atunes».
La ciudad de Cádiz tenía derecho a hacer las dichas almadrabas siendo embargado el derecho por don Enrique De Guzmán, contra la voluntad del Concejo de Cádiz.
El Castillo de la Villa de Cádiz como la Torre Gorda gaditana de las almadrabas fueran levantadas por Rodrigo Ponce de León según documento de Pedro de Pinos, alcaide y asistente de la ciudad de Cádiz por el conde de Arcos y veinticuatro de Jerez, da al deán y cabildo de Cádiz unas casas que tiene en ella a cambio de una casa que poseen dentro del castillo que mandó construir el señor Rodrigo Ponce de León. Archivo de la Catedral de Cádiz, doc. número 107, Cádiz, 14 de agosto de 1471.
«Que por cuanto, entre nos se levantaron grandes escándalos, discordias y guerras en toda esta tierra» se alcanzó «entre nos y el Señor don Íñigo López al servicio del Rey la pacificación de esta tierra con el conde de Tendilla, Fadrique Manrique y Alonso de Velasco, del consejo del Rey nuestro señor, pronunciaron cierta sentencia por la que el hicieron Capitulaciones de nuestra amistad incluyendo un capítulo de las almadrabas».
