Entre los grandes linajes que acompañaron a Fernando III en la toma de Sevilla estaban Pedro Núñez de Guzmán y don Pedro Ponce de León, cuñados del Rey Fernando III ambos casados con hijas ilegítimas del rey Alfonso VIII. Ambos linajes llegaron a unirse por medio de lazos matrimoniales de forma continuada.
Tras la conquista castellana del valle del Guadalquivir en 1248 Marchena fue propiedad de la esposa del Rey San Fernando Juana de Pontís. Los primeros Señores de Marchena fueron infantes de Castilla: el primero fue Luis uno de los hijos de Fernando III el Santo. También lo fue Juana de Pontís, esposa del monarca.
Las dos familias eran parientes entre sí, ya que cuatro hijos de ambas familias se habían casado entre sí y además asistían a las Cortes de Castilla y Leon castellano-leoneses como mimebros del Consejo del rey según la crónica de Ortiz de Zúñiga
Asistieron a a las Cortes de Valladolid de 1325-26 durante el reinado de don Alfonso XI como representantes del cabildo hispalense Fernán Ponce de León, Señor de Marchena, y su hijo don Pedro Ponce de León. Alfonso XI nombró caballeros en Burgos a don Pedro Ponce de León y a don Álvar Pérez Guzmán.
Los Ponce consiguen Marchena por dote de una boda con los Guzmanes, compra y donación regia en 1309. Beatriz Ponce de León (1352- 1385) se convirtió en una de las amantes del Rey Enrique II de Trastámara hija de Pedro Ponce de León el viejo, V Señor de Marchena y de Beatriz de Jérica, de la casa real de Aragón.
Fernan Pérez Ponce, primer señor de Marchena primo de Alfonso X, rico Señor de Cangas, Asturias. El Rey lo llamaba leal Cormano». Se casó con Isabel de Guzmán, en 1303, en Sevilla. Participó en la conquista de Cádiz con Alfonso X en 1269 y en el fallido cerco de Algeciras por Fernando IV. Con Sancho IV fue adelantado mayor de la frontera, que equivalía a gobernador y capitán general y participó en una embajada a Roma y en la conquista de Tarifa de 1292. Murió en San Francisco de Jerez donde esta enterrado en la iglesia del Salvador.
Alfonso XI, en plena campaña de Algeciras, hubo de volver a Madrid en 1341 y dejó los asuntos de tierra en manos de don Juan Alonso de Guzmán, de don Pedro Ponce de León. A los hombres que lo acompañaron a Algeciras, el señor de Marchena donó casas y terrenos junto a su castillo enla actual calle Doctor Diego Sánchez.
En nombre del Consejo de Sevilla, acudieron a la campaña de Gibraltar de1333 Álvar Pérez de Guzmán y Pedro Ponce de León –señor de Marchena
Tras la muerte del rey Pedro I en Montiel a manos de su hermano Enrique –conde de Trastámara–, este estuvo acompañado en su vuelta a Sevilla por don Alonso Pérez de Guzmán –señor de Sanlucar–, por don Pedro Ponce de León –señor de Marchena–.
Juan I ordena en julio de 1388 al Regimiento de Sevilla que los concejales o caballeros veticuatro de la ciudad no fueran vasallos, ni reciban mantenimientos ni acostamientos de ricos como el señor de Marchena. Muerto el rey deja como tutor del príncipe, menor al conde de Niebla, protestando don Pedro Ponce de León –señor de Marchena– y don Álvar Pérez de Guzmán –almirante.
El Conde, obligó entonces a sus contrincantes y a sus tropas a salir de la ciudad, y fue a la corte con sus tropas para confirmar su postura, pero cayó en desgracia, y los señores de Sanlucar y Marchena, aprovecharon para tomar el control de la ciudad. «En la cobranza de los tributos cada uno metia la mano hasta donde mas podia” según el cronista Zúñiga como parte de la guerra banderiza.
Cuando Álvar Pérez de Guzmán se convirtió en Alguacil Mayor de Sevilla en 1398 la Casa de Marchena se opone al nombramiento de don Henrique como conde de Niebla y estalla la violencia con “escándalos, homicidios, violencias, robos y calamidades” sin que la mediación del arzobispo sirviera de mucho. Las torres de las Iglesias fueron plazas fuertes de defensa hasta elpunto que los de Marchena llegaron a quemar la torre de San Marcos.
El Rey Enrique III acudió a Sevilla y tras cerrar las puertas de la ciudad mandó llamar al Alcázar a los jefes banderizos de las casas de Marchena y Sanlúcar y los espulsa de la ciudad. Los conflictos banderizos culminaron en 1402, aunque cien añis despues en 1520 se registraron los ultimos enfretamientos callejeros emtre los de Marchena y Sanlúcar.
La vuelta de las disputas tuvo lugar en 1407, tras el fallecimiento del rey Enrique III. Fue necesaria la venida a Sevilla de don Lorenzo Suárez de Figueroa –maestre de Santiago– y don Alonso Henríquez –almirante– para controlar los altercados. Duró hasta 1427, cuando el padre Fray Diego Martínez de Medina –prior del convento de San Jerónimo de Buenavista–, a instancias del arzobispo de Sevilla–, consiguió conciliar las diferencias entre ambos bandos.
La toma de Gibraltar, ya en 1462, hizo reavivar las llamas. En esta ocasión se debió a la falta de acuerdo a la hora de colocar los pendones de los dos grandes linajes en la torre del homenaje, una vez tomada la fortaleza. Desde Gibraltar se extendió la lucha a Sevilla
El 1471 el duque de Medina Sidonia armó un ejército naval para hacer frente a Rodrigo Ponce de León en plena Guerra Civil castellana por la sucesión de Enrique IV. La guerra duró cuatro años especialmente cruel en las calles de Sevilla, Carmona y Utrera.
Marchena y los Ponce de León cayeron en el bando de Juana La Beltraneja, defendida por Juan Pacheco suegro de Rodrigo Ponce de León mientras que los Guzmanes con sede en Sanlúcar defendían a Isabel de Castilla futura reina Católica controlando la ciudad y Concejo de Sevilla.
En Julio de 1471 los Ponce de León tomaron Alcalá de Guadaira y Jerez de la Frontera clave para el control de la ruta comercial de Sevilla a Cádiz impidiendo el abastecimiento de la ciudad de Sevilla.
Rodrigo Ponce al tomar Jerez embargó las mercancías a Sevilla impidiendo la llegada de pan y el precio del trigo, pescado se encareció en Sevilla.
Los Guzmanes respondieron creando otra armada con dos millones de euros sacados de los impuestos de Sevilla y en respuesta Rodrigo Ponce creó una almadraba en Cádiz en 1471, competencia de las que tenía en Conil los Guzmanes.
En Tablada en 1471 «el de Medina Sidonia salió fuera de los muros de la ciudad con su gente iba una gran multitud de confesos (conversos) «que amaban y querían al Duque (de Medina) en demasiada manera» segun Bernáldez mientras que con los Ponce iban tropas de Marchena y el resto de sus pueblos.
La guerra siguió en los dos alcázares de Carmona, en uno os de Marchena gritaban «por León» y los de Medina gritaban «por Niebla». En Carmona murió Luis de Pernía, de los Ponce, Alcaide de Osuna famoso por sus muchas victorias contra los moros en la frontera y en venganza Pedro de Vera tomó por sorpresa Medina Sidonia.
El 8 de marzo de 1473 los de Marchena vencieron en una batalla mandada por Fernán Arias de Saavedra cuñado del Marqués de Cádiz, cerca de Alcalá de Guadaira donde murieron dos hermanos del Duque de Medina. En Sevilla, los Guzmán gozaban de una posición muy superior.
Los linajes sevillanos utilizaron no solo sus casas como si de fortificaciones se tratara, sino también las torres de las iglesias como si fueran torres de defensa. Los Ponce de León tomaron Santa Catalina pero los huzmanes consiguieron que el conde de Arcos se retirara a las collaciones de Santa Catalina y San Román, donde se fortificó.