En 1840 el director del Museo de Bellas Artes de Sevilla Antonio Cabral Bejarano concluyó un inventario de las pinturas que formaban parte del Museo Provincial provenientes de los distintos conventos de la provincia de Sevilla. Redacta entonces el primer listado de obras artísticas de dicho Museo que se conserva.
Manuel Antonio Ramos explica en su obra sobre la Desamortización en Marchena que entre ellos estaban los cuadros extraídos por las sucesivas desamortizaciones de los conventos de Marchena; en total había inventariadas más de 2000 piezas de la provincia y 62 procedentes de Marchena. Entre ellos estaban Las Lágrimas de San Pedro, de Juan del Castillo, con una anotación que indica procente del convento de Capuchinos.
Del convento de San Francisco, 36 pinturas, una de Santo Domingo, una de Capuchinos, 4 de San Agustín y 20 de Santa Eulalia.
También se enviaron a Sevilla -por orden gubernativa- joyas y alhajas de oro y plata así como pedrería y objetos preciosos de las distintas parroquias y hermandades de Marchena.
En concreto esas joyas procedían de la parroquia de San Juan, del Colegio de Santa Isabel, de las Hermandades de La Soledad, Cristo de San Pedro, Jesús Nazareno y Dulce Nombre. Todas las piezas fueron almacenadas en la Fábrica de Tabacos de Sevilla.
De la Parroquia de San Juan se envió a Sevilla dos candeleros grandes, dos pequeños un incensario una cruz de altar, dos lámparas, dos cálices, plato y vinajera y solamente se quedaron en Sevilla las dos lámparas; todo lo demás lo devolvieron.
También a través de la documentación conservada en el Colegio de Santa Isabel se sabe que se enviaron alhajas idéntico del antiguo templo de los jesuitas. La Hermandad de la Soledad llegó a pagar 40 reales por el traslado de la Plata a Sevilla.