Los franciscanos de Andalucía se reunían en un capítulo general cada seis años y en un capítulo intermedio que tenía lugar en San Francisco de Marchena cada tres años y en ellos se decidía el gobierno de la orden, presidido por el Duque de Arcos.
Los Duques de Arcos eran Patronos de la orden franciscana y de sus capítulos intermedios que se celebraban en Marchena por deseo del Duque que a cambio pagaba a la orden una cantidad de dinero cada año. En este periodo los documentos indican que los conventos de San Francisco y Capuchinos estaban estrechamente relacionados entre ellos ellos y a su vez con las hermandades de Veracruz, y desde 1820 Humildad y Terceros de la Virgen de los Dolores que pasan a Santa Clara.
Para comprender la importancia que los Duques daban a los franciscanos baste citar había cinco conventos franciscanos en Marchena: Capuchinos, Santa Eulalia, San Francisco Santa Clara y Santa María, todos dotados por la casa ducal al igual que los del resto de órdenes: jesuítas, dominicos y agustinos.
El Convento de Capuchinos cuyos restos han sido recientemente estudiados estaba dentro del Palacio Ducal.
La orden Franciscana reunida en el Palacio Ducal de Marchena, donde estaba el convento de Capuchinos, acuerda el 15 de julio de 1632 aprobar la petición del Duque de que los Capítulos intermedios de la orden se hiciesen en el convento de San Francisco de Marchena «y no en otro» sin la autorización del Duque, y que en todos los convento franciscanos de Andalucía se dedicasen misas funerales cuando fallecía alguien de la familia Ponce de León.
Para el Duque o su Legado se reservaba «una silla o un banco de la misma calidad que tuviere para sí el presidente de la Congregación de tal manera que si él dicho presidente él y quiere sentarse en silla se ha de sentarse en silla a su lado el dicho legado del Duque y si en banco en banco» pero «dejándole siempre el lugar preeminente».
Comparecieron en esta asamblea los provinciales, definidores y custodios de la provincia de Andalucía de la Orden de San Francisco, Fray Pedro de Ochoa, ministro provincial, fray Juan de Urrutia, Pedro de Almaguera, Fray Mateo Bueno y fray Pedro de Benjumea, custodio.
A la vez orden franciscana cedió los «derechos y acciones» que tiene al cuerpo de la madre Antigua religiosa profesa en el convento de Santa Clara de Marchena «que al presente está en depósito en el convento de de Lora sobre cuya propiedad tiene litigio». «Acordó el Definitorio hacer cesión de la mejor forma que de Derecho pueda a su excelencia del dicho cuerpo» mientras se llegase a un acuerdo con el convento de la Merced de Lora. A cambio el Duque funda los conventos de clarisas y mercedarias de Marchena.
Aviso de que el convento de San Francisco estaba arruinado por el terremoto.
En 1756 no se pudo celebrar el capítulo de la orden seráfica en el convento de Marchena por estar arruinado tras el terremoto de Lisboa de Noviembre de 1755 por lo que el 20 de Enero del 56 el prior de la orden pide consentimiento al Duque para celebrarlo en otro lugar y se elige el convento de Carmona «por esta vez y sin que sirva de ejemplo», dice el propio Duque.
Recibo expedido por Félix de Castro guardian de este convento «de Menores y Capuchinos» de Marchena de haber cobrado del Duque 3022 reales.
El 20 de Marzo de 1792 se registra orden de pago del Duque de Arcos a la orden de San Francisco de 2200 reales para pagar los gastos de los capítulos intermedios celebrados por dicha orden en su convento de Marchena ubicado en el convento de San Francisco.
Además Rodrigo Ponce de León fundó el convento de Capuchinos junto a su Palacio en agradecimiento porque los franciscanos capuchinos le salvaron la vida dos veces.
En 1632 Don Rodrigo Ponce de León y su hijo pagan doscientos ducados mensuales al convento de San Francisco de Marchena según documento de fray Juan de Luna Tamariz, guardián de dicho convento. Además pagaban «para las congregaciones capitulares intermedias de San Francisco en Andalucía» por lo que el Duque fue nombrado patrono protector de dicha Provincia. El capítulo provincial de los francsicanos de Andalucia, se celebró en san Francisco de Marchena el 26 de Mayo de 1635.
La sesión estuvo presidida por Felipe Trenado de San Pedro calificador del Santo Oficio, y presidente el capítulo intermedio de Andalaucia y por el comisionado Fray Pedro Urbina comisario general presidida por el Duque de Arcos. La invitación al Duque se hizo «por las muchas honras y favores que dicho Señor ha hecho y hace de ordinario a esta provincia y en especial en esta ocasión del capítulo intermedio».
Diego Núñez de Prado, fundador del convento de San Francisco en 1530 ocupaba el cargo de Alcaide de la fortaleza de Marchena y según algunas fuentes era hermanastro del Duque. El y su mujer eran terceros franciscanos laicos, donó sus propias casas y pagó las obras de convento. Francisco Rodríguez Santos funda la hermandad de Veracruz a instancia de Diego Núñez del Prado.
