La iglesia fue originariamente una obra mudéjar, de la que aún se conserva la portada, fechable en los primeros años del siglo XVI. Está realizada en ladrillo y es de planta de cruz latina de una sola nave cubierta con bóveda de medio cañón de lunetos. El templo fue fundado en 1537 por Gonzalo Jiménez como sede de varias capellanías y se convirtió en convento de mercedarias hacia 1637 gracias al patronazgo de los duques de Arcos, Rodrigo Ponce de León y Ana de Aragón y Sandoval. El convento toma el nombre del titular de la capilla ya existente desde 1530 dedicada a San Andrés, fundada por Gonzalo Jiménez de Benjumea, presbítero.
Fray Manuel de Santa Gertrudis presbítero y confesor del convento de San Andrés de Marchena fue apresado «en las cárceles secretas» de la Inquisición por hablar de amores a dos monjas de dicho convento en 1786.
Finalmente fue absuelto por el Fiscal de Sevilla y gravemente reprendido. Le fue prohibido perpetuamente confesar hombres y mujeres.
Sor Isabel del Socorro de 20 años, monja profesa de velo blanco de San Andrés de Marchena, guiada por su confesor extraordinario Fray José de Ubrique, religioso Capuchino del convento de Marchena, dirigó una carta de delación al Tribunal de la Inquisición de Sevilla el 3 de abril de 1786.
En ella delatan al Santo Oficio a su confesor el mercedario descalzo Manuel de Santa Gertrudis por solicitante, es decir hablar de amores durante la confesión. El comisario de la Inquisición de Marchena en calidad de notario reconoció la carta de la religiosa.
Sor Isabel del Socorro reconoció en su carta que hacía dos años se confesaba con Manuel de Santa Gertrudis y que «en todas las confesiones le habla en materia de amores, (…) y la mayor parte de las veces le habla palabras muy feas y torpes solicitándola carnalmente, tanto que ha dicho de subir desde los corrales para tener que ver con ella. Una vez por el confesionario hizo ademán de tocar la cara de ella mientras le decía «te quiero y estimo mucho y hago estas cosas por lo que te quiero».
La monja pensaba que el cura «no estaba en su perfecto juicio, por el juramento que tenía hecho y que no lo decía por odio». El Tribunal en su auto de junio de 1786 delega el caso en el comisionado de Marchena.
El 5 de junio del mismo año se recibió en el Tribunal otro escrito de la monja pidiendo perdón «por el mal ejemplo que ha dado con sus palabras contra el delatado. Llorosa y rabiosa por haberle negado la comunión, fue levantándole un testimonio. habló sin temor de Dios, expresando que ella nada había tenido con el delatado».
Otra monja de dieciocho años del mismo convento, Sor María Cayetana de Santa Bárbara dijo el 4 de diciembre que los dos años anteriores había sido confesada por el delatado y que en tres o cuatro ocasiones estando la declarante arrodillada no la absolvió y despidiéndola le decía: «adiós hija mía, adiós dueño mío, adiós corazoncito mío». «Jamás había sabido ni pensado que hubiese confesor que hiciese semejantes pecados hasta que se recibió su primera declaración».
Fuente: Santa Gertrudis, Fray Manuel de Archivo Histórico Nacional,INQUISICIÓN,3721,Exp.153