En 1897 la intervención urbanística en la Calle San Francisco de Marchena relacionada con la reforma de la capilla de la Hermandad del Santísimo Cristo de la Veracruz surgió a raíz de problemas de salud pública y decoro.
Los vecinos de la calle solicitaron a la Corporación que se actuara sobre la rinconada existente entre el Juzgado de Instrucción y la Capilla del Señor de la Santa Veracruz. La zona se había convertido en un depósito de inmundicias y lugar de conductas indecorosas. Los vecinos pedían la limpieza y la alineación de la calle para resolver estos problemas.
La Hermandad del Santísimo Cristo de la Veracruz, informada del proyecto, se involucró directamente en las negociaciones con la Corporación para llevar a cabo la reforma de la capilla y sus dependencias. Para esto, la Hermandad nombró una comisión de hermanos que incluía a figuras como Francisco Andrade Walderwilde y Manuel Rojas Marcos, entre otros, para convenir con la Corporación municipal todos los detalles relacionados con el proyecto. Finalmente, se llevaron a cabo las obras de limpieza y alineación, resolviendo así los problemas urbanísticos y estéticos de esa parte de la calle San Francisco.
En 1888, hubo una propuesta por parte de un concejal de Marchena, cuyo objetivo era derribar parte de la casa de la familia Wanderwilde situada en la Calle San Francisco, para así comunicar directamente con la calle Las Torres. Esta propuesta era parte de una iniciativa más amplia para modificar y posiblemente mejorar la alineación de las calles en esa área. Sin embargo, esta propuesta particular de horadar la muralla no tuvo éxito
En 1880, hubo una propuesta del concejal Arcenegui para derribar el arco llamado de la Carrera (Puerta de Osuna) para facilitar el paso a las cofradías en Semana Santa y a los carruajes de la vecindad. Esta propuesta fue finalmente exitosa, demostrando el impacto de las necesidades locales en la conservación del patrimonio histórico.
Durante el gobierno de José I Bonaparte, se emitieron decretos que suprimieron todas las órdenes religiosas regulares masculinas en España, incluyendo el Convento de San Francisco en Marchena. Este acontecimiento marcó un punto de inflexión, pues muchos de los religiosos fueron secularizados y sus bienes incautados
El Convento sufrió considerablemente durante la ocupación francesa, perdiendo gran parte de su estructura y funcionalidad. La cocina, refectorio, portería, enfermería, y parte de los dormitorios fueron destruidos o gravemente dañados. La parte baja del convento fue utilizada como fábrica de polvo de salitre, lo que aceleró su deterioro.
Esfuerzos de Reconstrucción: A principios del siglo XIX, hubo intentos de reconstruir y restaurar el convento. En 1821, el guardián del convento solicitó ayuda para la reedificación, indicando la necesidad de materiales significativos para reparar áreas críticas como el refectorio y la cocina, que estaban en ruinas o en riesgo inminente de derrumbe.