San Miguel dejó de ser parroquia en 1909 sustituida por San Agustín

San Miguel dejó de ser parroquia en 1909 sustituida por San Agustín, después de un decreto en que las parroquias de menor importancia pasaban a incluir otras iglesias.  San Miguel era entonces una iglesia dependiente de la matriz de San Juan hasta que en 1964 recuperó la sede parroquial independiente coincidiendo con la llegada de Juan Ramón Gallardo como párroco.

En 1909 San Miguel y su barrio no tenían la población actual por lo que dependían de San Juan y se consideraba por algunos sectores como un barrio hasta cierto punto olvidado.

En 1851 y San Miguel dejó de ser parroquia por primera vez trasladándose la sede parroquial a San Agustín por unos años para evitar el desmantelamiento del convento de San Agustín de la desamortización que sí afectó de lleno al resto de los conventos, sufriendo pérdidas irreparables.

La fórmula que encontraron las autoridades locales entonces fue declarar en ruinas San Miguel, para trasladar la parroquia a San Agustín, que por entonces no tenía frailes y corría peligro de ser desamortizada es decir subastada por el Estado.

Entonces San Agustín comenzó a llamarse en los papeles oficiales como San Miguel El Nuevo y los cultos de la hermandad de Jesús Nazareno como la novena pasaron a realizarse en San Agustín, hasta 1932 cuando aún se celebraban en dicha iglesia trasladando las imágenes de la hermandad del Viernes Santo. Cada año el traslado de Jesus Nazareno de San Agustin a San Miguel despues de finalizar la novena era un acontecimiento multitudinario y muy esperado por todo el pueblo.

En 1963 el obispo auxiliar Monseñor Jose Maria Cirarda hizo una visita pastoral a Marchena y durante la comida con los tres párrocos de la localidad, llegó el Alcalde a solicitar al obispo que San Miguel fuera convertida en Parroquia. Cirarda respondió que después de consultarlo con los párrocos, decidió que San Miguel tenía las características para volver a ser parroquia como antaño. Poco después empezó a tramitar la documentación y en dia de María Auxiliadora de 1964 San Miguel volvió a ser sede parroquial después de 50 años con la toma de posesión como Párroco de Juan Ramón Gallardo.