Bajo el Presbiterio de Santo Domingo está la cripta ducal de los Ponce de León en Marchena. Poco se sabe de las características y dimensiones de dicho enterramiento y desde luego no hay fotografías de dicha cripta que al contrario del panteón ducal de Osuna no es visitable hasta hoy. Hermanos de la cofradía del Cristo de San Pedro nos cuentan que una de las últimas veces que se entró fue en los años 90 por obras de mantenimiento y que luego fue sellado el acceso que está bajo el altar mayor del templo, a través de una gran losa de piedra.
Una de las descripciones más interesantes es la que hace Juan de Morales y Sastre en 1826 en un manuscrito que ahora va a ser editado en una publicación que se presenta la próxima semana en Marchena, obra de Manuel Antonio Ramos con la colaboración del CSIC.
Este manuscrito dice que los Duques de Arcos labraron en la capilla mayor «magníficos» panteones. «Divide la Capilla Mayor del cuerpo de la Iglesia, una verja de hierro con su repisa de jaspe y remate de bolas de lo mismo. Desde ésta verja hasta las gradas del altar mayor o Presbiterio hay una muy capaz bóveda con su altar dentro de ella para decir misa que está frente de la puerta de la sacristía».
«Junto a esta bóveda y en un sitio más elevado está otra (bóveda) en todo lo que comprende el presbiterio que mandó labrar la excelentísima señora doña Victoria de Toledo mujer del tercer Duque de Arcos. En una y otra han sido colocados los cuerpos siguientes: Don Rodrigo Ponce León 1º de este nombre y primer duque de Arcos al lado derecho del altar de la dicha bóveda hacia la verja de la capilla mayor y cuyo excelentísimo señor fue sepultado en ella en 1530″.
«A los pies de dicho señor Duque están los tres cuerpos de las tres excelentísimas mujeres que tuvo dicho fundador en el año 1573. En el mismo pollo fue colocado el cuerpo de don Luis Cristóbal Ponce de León , segundo duque de Arcos y el de don Luis Ponce de León marqués de Zahara, hijo de don Rodrigo tercer Duque de Arcos y de doña Victoria, su mujer. Fue colocado en el pollo que está bajo de las gradas del altar mayor de la Epístola en1605″.
«En el año 1615 fue sepultado Fray Pedro Ponce de León hijo de Luis (Cristóbal) Segundo duque de Arcos sobre el altar que tiene dicha bóveda. Fue religioso dominico, obispo de Zamora y antes de Ciudad Rodrigo. También está en esta bóveda el cadáver del Padre fray Félix, de la misma orden (dominico) y prior qué fue de este convento e hijo del excelentísimo señor Don Rodrigo el fundador. A los pies del pollo del lado de la Epístola está el señor duque don Rodrigo tercer duque de Arcos que murió el 16 de febrero de 1630 señora doña Victoria de Toledo mujer que fue el antedicho duque está en la bóveda que ella mandó hacer bajo al presbiterio.
«En el centro de la bóveda es donde siempre se colocaron los escuderos de la casa de Arcos».
«La capilla mayor es de bóveda y está toda estofada de yeso desde la primera cornisa arriba y lo de abajo de una hermosa y vistosa colgadura de azulejos con las armas de la Casa de Arcos y números y números que señalan el año de su conclusión que fue el de 1638. Sobre estos azulejos siguen cuatro grandes lienzos para adorno de la Capilla Mayor con sus de yeso estofado. Uno es el martirio de San Pedro Mártir y otro «el primer auto de fé que están al lado del Evangelio».