En 1793 el Alcalde de Marchena paralizó y embargó materiales de la obra del colegio hospital de Niñas Huérfanas regido por Isabel María de San José, tercera profesa de la Orden de San Francisco.
Vinieron a Marchena traídas por los Duques desde el colegio de doncellas huérfanas de Alcalá de Henares. El propio Duque las alojó en su palacio, mandó asistirlas y alimentarlas en Marchena de su propio bolsillo mientras encontraba sitio para la fundación y les entregó escritura de donación de la ermita de San Agustín el viejo o de la Virgen de Gracia, hoy capilla de La Milagrosa.
La orden Jesuíta desaparece en 1773 y Las terceras franciscanas se establecen en el antiguo templo jesuíta en 1780.
El Alcalde llegó a afirmar «que la madre Isabel María es muy áspera y muy terrible y que las tiene sujetas y forzadas sacando esto de la declaración de Salvadora de Figueroa que antes de ser profes a estuvo en dicho colegio y hoy vive en su casa con hábito de secular» explicando que «no es nuevo levantar estas calumnias las que se le salen o las echan».
El escrito de defensa dice que «el que sea la madre Isabel María buena o mala terrible o pacífica» no puede «quitar su bondad a la obra que se hace en dicho colegio, ni le puede dar esto jurisdicción al Alcalde Mayor».
El Alcalde Mayor de Marchena, se inició un pleito sobre la jurisdicción del colegio de huérfanas, donde vivían doce muchachas y cuatro adultas, por si era institución civil o no eclesiástica. Al ser seglares terceras franciscanas el Ayuntamiento pretendía que no eran religiosas por lo tanto el Obispo ni los jueces religiosos tenían autoridad sobre ellas. El Alcalde también alega que hay una calle entre el templo y las casas por lo que no puede considerarse edificio religioso.
Por su parte la madre Isabel María de San José alegó que aunque ellas eran seglares, el edificio en sí era religioso y la institución también, por lo que pertenecía a la jurisdicción del Obispo.
La rectora alegó que ella había gastado 20.000 ducados en las obras, «los cuales han salido de la bolsa de Dios por mando del Rey».
El Ayuntamiento decía institución era ilegal porque no tenía licencia del Ayuntamiento para obras, ni licencia del Rey, del Papa, ni del Consejo de Castilla, que tenía rentas muy escasas, que perjudicaría al resto de órdenes religiosas de la villa, que estaba en despoblado en lugar peligroso para mujeres y que la Madre Isabel María de San José era de carácter recio y que tenía a algunas mujeres allí contra su voluntad según habían declarado algunas que habían salido del colegio de huérfanas, cosas que las religiosas consideraron injurias.
En su defensa Isabel María presentó autorización del nuncio del Papa y una provisión del Consejo Real para pedir limosna en la cual la encarga a la justicia asistan a la madre Isabel María de San José para recoger limosnas. Entre estas limosnas recogidas estaban las el propio Rey, el Alcalde y la Asistencia del Duque.