Alfonso de Trastámara, proclamado rey por la nobleza rebelde que se oponía a Enrique IV pidió lealtad a Juan Ponce de León, Señor de Marchena instándole a que no acepte las propuestas de su hermano Enrique IV, quien estaba haciendo esfuerzos por atraer a los nobles a su bando.
Juan Ponce de León murió en 1471, tres años después del fin de la guerra civil castellana, dejando tras de sí un legado de poder consolidado para su familia. Su descendencia continuó jugando un papel clave en la política andaluza y en la corte de los Reyes Católicos, especialmente Rodrigo Ponce de León, su hijo, quien se convertiría en un héroe durante las guerras de la Reconquista y el último gran defensor de la ciudad de Granada en 1492.
Juan Ponce de León no dudó en volver a la fidelidad de Enrique IV, quien en julio de 1469 reconoció su dominio sobre Cádiz; además, se aproximó a Juan Pacheco, gran enemigo del duque de Medina Sidonia. En noviembre de 1470 se firmaron las capitulaciones entre su hijo Rodrigo y Beatriz, hija de Pacheco.
La Guerra Civil Castellana de 1465-1468 o Guerra de los Infantes de Aragón enfrentó a los partidarios del rey Enrique IV de Castilla y a los seguidores de su medio hermano, el infante Alfonso de Trastámara, quien fue proclamado rey por una facción rebelde de nobles en el evento conocido como la Farsa de Ávila en 1465.
Muchos nobles castellanos estaban descontentos con el reinado de Enrique IV, acusándolo de ser débil y de ceder demasiado poder a favoritos como los Beltrán de la Cueva. Los nobles desafiaron la legitimidad de Enrique IV, acusando a su hija Juana «la Beltraneja» de ser ilegítima, argumentando que no era hija del rey sino de su favorito, Beltrán de la Cueva.
En un acto teatral conocido como la Farsa de Ávila (1465), los nobles sublevados destronaron simbólicamente a Enrique IV y proclamaron como rey a su hermano Alfonso, entonces de 12 años.
Documentos del Fondo Osuna. Sección Nobleza del Archivo Histórico Nacional
Digitalización de microfilm de 35 mm
La guerra no se desarrolló como un conflicto bélico de grandes batallas, sino más bien como una serie de enfrentamientos políticos y militares entre las facciones nobiliarias, principalmente en Castilla. Los Ponce de León, eran un actor importante en el conflicto, ya que dominaban la región de Andalucía y su lealtad era crucial para ambas partes.
El conflicto terminó en 1468, con la muerte de Alfonso de Trastámara, probablemente a causa de la peste. Tras su fallecimiento, los rebeldes se quedaron sin una figura que rivalizara con Enrique IV. Este evento llevó a la firma del Pacto de los Toros de Guisando, donde se reconoció a Isabel, la hermana de Alfonso y Enrique IV, como heredera legítima de Castilla, lo que pondría las bases para la futura Guerra de Sucesión Castellana tras la muerte de Enrique IV.
Esta guerra fue fundamental para los eventos posteriores, pues, aunque terminó relativamente pronto, abrió el camino a las disputas sucesorias que llevaron a la Guerra de Sucesión Castellana entre Isabel (futura Isabel I de Castilla, «la Católica») y Juana «la Beltraneja», hija de Enrique IV.