El Convento de los Angeles Custodios de franciscanos Capuchinos se funda en la Plaza Ducal en 1650 dentro del Palacio por orden del duque Rodrigo Ponce de León, en agradecimiento a los Angeles Custodios, y a los Capuchinos que salvaron su vida durante la rebelión de Massaniello en Nápoles.
«Estando de Virrey en Nápoles le libraron los Capuchinos de una muerte cierta, ocultándolo, disfrazándolo y eximiéndolo de la muerte» explica Fray Ambrosio de Valencina en la Historia de la Provincia Capuchina de Andalucía, 1907.
Una rebelión que además afectaría al urbanismo de Marchena al comprar el Duque las viviendas que lindaban con el Palacio para crear un parque o zona de huertas.
Además los Capuchinos le habían cuidado durante su enfermedad en Valencia donde también fue Virrey según explica Fray Ambrosio de Valencina. «En Valencia le acometió una enfermedad contagiosa y penosísima». Los Capuchinos estuvieron entonces siempre «A su cabecera, asistiéndolo con tan cuidadosa vigilancia que nunca la faltó un padre permanente a su servicio».
Los Capuchinos llegaron a Marchena el 24 de Octubre de 1651, eran entre veinte y treinta. La toma de posesión consistió en una sencilla ceremonia de colocar un crucifijo en el patio de los naranjos delante de la nueva iglesia por Fray Bernardino de Granada con la ayuda del duque. Ambos colocaronla cruz y pusieron piedras alrededor en símbolo de toma de posesión. Luego se hizo la misa de consagración ante un lienzo de San Francisco con hábito Capuchino, es decir gris y con una capucha larga.
Los frailes estaban siempre con el Duque. «A mediodía en su meda, por la tarde en su familiar conversación, amándolos de Corazón». Todos los días los frailes se traían de la despensa del Duque, la comida que necesitaban y así se reflejaba en las escrituras fundacionales. El médico, el boticario y medicinas que necesitasen, los entregaba el Duque. La iglesia del convento tenía unas tribunas por donde el Duque oía misa, al igual que pasaba con el templo de Santa María.
En la carta fundacional del Convento se dice que se crea en las casas que fueron de Juan Rodríguez Montiel junto a la Plaza Ducal, y Juan Luis Ravé añade que se construyó dentro del Palacio con unas casas añadidas ubicadas en la calle del Moral, hoy desaparecida, que iba de la Plaza al Parque.
Rápidamente los frailes se ganan el respeto del pueblo porque «ayudaban a los moribundos» además de ser incansables en el confesionario y el púlpito» -según Guerrero de Ahumada- (1787) y tenían un «seminario de coristas». Además su iglesia estaba siempre llena por estar junto a la Plaza Mayor hacia donde tenía su puerta principal y una espadaña.