La Inquisición comenzó a funcionar en el S XV para perseguir a los judíos y en Marchena tuvo sede en el convento dominico de Santo Domingo.
La sede del Tribunal de la Inquisición era el Convento de Santo Domingo según se refleja en la obra de Manuel Antonio Ramos sobre la ocupación francesa. Entre las medidas del gobierno pro francés está la abolición de la Inquisición en todo el pais incluído Marchena.
El 28 de Marzo de 1813 llega la orden a Marchena, según informa Manuel Antonio Ramos, pidiendo por escrito que todo lo relacionado con el tribunal como pinturas, inscripciones de castigos y penas se borren y se destruyan en un plazo de tres días.
Las cartas dirigidas al vicario de Marchena y al prior del convento de San Pedro Mártir pasaron por el Ayuntamiento. Trece días después se reciben los decretos para abolir el tribunal, decreto ordenando que todos sus bienes pasen al Estado y la orden eliminando todo vestigio de dicha institución.
Juzgados por la Inquisición
La Inquisición disponía de la colaboración de los «familiares», que constituían una especie de policía, a menudo fanática, y que disfrutaba de los privilegios de un total anonimato, y la impunidad escapar a la jurisdicción de los demás tribunales. Hacían delaciones y sus nombres no podían ser conocidos.
Juan Luis López mercader de Marchena sufrió proceso de fe en 1691. Natural de Madrid, casado con Josefa Herrera, residente en Marchena fue condenado a muerte por delito de judaísmo, tras más de un año muerto. Habia muerto en la cárcel.
El fraile Capuchino fray Feliciano de Sevilla recibió una carta de la criada describiendo algunos hechos sospechoso en casa de este «descendiente de judíos». «Todas las noches se encerraban en un soberado», según fuentes de una criada, «comían sólo los sábados gallina» y se oían unos extraños golpes cuando se reunían en el soberado. Testifican contra el acusado, una criada, y una cuñada.